大神山神社奥宮への参拝は、大山寺山門手前を左、石の大鳥居（国の登録有形文化財）から奥宮参道を上がっていく。この参道は1940（昭和15）年に整備されたものであり、杉やブナの巨木のなかに自然石を敷き込んだ幽玄の趣のある参道である。長い参道を上がりきると神門に着く。この神門は入口と出口が逆になっているため後ろ向き門と言われている。この山門はもともと大山寺本坊・西楽院の表門（宮家のお成門）であったが、1875（明治8）年の廃仏毀釈により西楽院が廃止された時に大神山神社に引き渡された。そして、そのまま奥宮の門に転用されたため、入口と出口が逆になっているのである。鳥取県の指定有形文化財となっている。
　神門から石段を上がると奥宮の社殿がある。1805（文化2）年に再建されたもので、本殿･幣殿･拝殿が一体化してそれに長廊がＴ字型に付くという独特の形をしており、両翼は50ｍに達する。日本最大級の権現造りで神仏混交の様式を伝えている。内部の柱･長押には金箔に似せた色合いを出す白檀塗りの技法＊で彩られ、側面には天女の壁画、格天井には花鳥風月が描かれている。なお、奥宮の背後には大山に修行登山する人の登山口（行者登山口）がある。また、奥宮に隣接して下山神社が鎮座している。これは奥宮の再建と同年に石見津和野藩主亀井矩賢が寄進したもので、下山善神（白狐）を祀っている。奥宮、下山神社ともに国の重要文化財に指定されている。
　さらに、奥宮石段下、神門の下の広場に石組みの土台が残っている。これは神仏習合であった江戸時代に大山寺の本坊となった西楽院の社殿跡である。西楽院は大山寺の寺、子院、僧坊などを全て束ねる行政府であったため、主門だけでなく僧侶と武士のために別門を持つという壮大な社殿であったとされる。西学院は明治維新後の廃仏毀釈により荒廃し、その土台にのみかつての栄華を伝えている。
　なお、米子市内にある大神山神社・本社は紫陽花の美しい神社として知られている。5月から7月になると2,000株の紫陽花が咲き誇って参拝者の目を楽しませる。主に地元の人々に祀られている神社であるが、大山参りを奥宮だけで済ませるのは片参りとなるため、奥宮参りの帰路に是非立ち寄ってみたい。