JR東海道本線・東海道新幹線静岡駅から南東へ約7.5km、有度山の南に位置する久能山の山頂（標高216m）に鎮座する。東照宮へは、久能山山麓からは16折、1,159段の急な石段*1を登るか、あるいは日本平からのロープウェイを利用する。社殿をはじめ楼門・鼓楼・神楽殿・神庫・玉垣・渡廊などの建築物は、山頂付近の傾斜を利用して巧みに配置されている。境内は全山老樹が繁茂し、眼下には駿河湾の海原が広がる。　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　
　社殿は江戸時代初期の権現造で、本殿には徳川家康を祀り、その左右に相殿として豊臣秀吉および織田信長を祀っている。本殿は桁行3間、梁間3間、石の間は桁行1間、梁間1間、拝殿は桁行5間、梁間2間の複合社殿となっており、内外の装飾は華麗で、随所に彫刻や彩色が施され、日光東照宮の先駆をなすものといわれている。
　久能山は、古くは観音菩薩の霊場とされ、7世紀頃には秦氏一族の久能忠仁が開山し、補陀落山久能寺と称したといわれ、鎌倉時代前後に最も栄えたと伝えられる。1568（永禄11）年に武田信玄が久能寺を移転させ築城したが、のちに徳川家康によって搦手の要害を加え城を完成させた。
　1616（元和2）年、家康が没するとともに遺言*2によってここに遺骸を葬り、2代将軍秀忠の命のもと、城を廃して社殿の造営を始め、1617（元和3）年に竣工したのが現在の社殿である。さらに、これもまた家康の遺言に従い、1617（元和3）年に日光へ改葬している。
　境内には、貴重な社宝が展示されている久能山東照宮博物館*3がある。