＊創建：神社の由緒によると、日本武尊が大塚丘で富士山を遥拝したことに始まるとし、781（天応元）年、富士山の噴火があり、甲斐国主の紀豊庭朝臣が卜占し、788（延暦7）年、大塚丘の北方に社殿を建立したと伝えている。江戸後期の「甲斐国志」の記述では「社後瑞垣ノ外ニ大ナル古塚アリ大塚ト號ス　土人相伝フ　是古社殿ナキ以前富士浅間遥拝ノ地ニ築ク　後神祠ヲ創造シ小室浅間明神を勧請スト云」としており、二合目にあった小室浅間社（現・小室浅間神社奥の宮）から、勧請して社殿を建立したとしている。その時期については、1223（貞応2）年だとしているが、創建か再建かどうかは不詳だとしている。「浅間」の名は、富士山や浅間山などの火山や火の神を指したものだと言われている。
＊富士講：富士山への信仰については、平安時代前期の貴族で文人の都良香「山名富士　取郡名也　山有神　名淺間大神　此山高　極雲表　不知幾丈」として、すでに、この時期には信仰の対象となっていることが分かる。同時期の「日本霊異記」でも、修験道の開創役行者が伊豆に配流された際に毎夜富士山で修行をしたことが記されている。室町時代後半には修験者だけではなく庶民も登拝するようになり、江戸時代には、江戸を中心に信者たちにより数多くの「富士講」が組まれ、富士山を目指した。登拝だけでなく、山麓の霊地への巡礼や水行などの修行も行い、「内八海巡り」もそのひとつだ。道中の各所には宿坊ができ、北口本宮冨士浅間神社の周辺には宿舎の提供だけでなく、祈祷、宣教、登拝の先導を行う「御師」が出現し、御師町を形成した。しかし、明治時代の神仏分離政策により、富士講は衰退した。現在も、数は少ないが御師の宿や家があり、その面影と歴史を継承している。
＊大鳥居：富士山の鳥居として、本社造立以前より建立されていたと伝えられている。以来、建替えや修理が繰り返され、近世以降は約六十年周期で再興事業が行われてきた。現在のものは1954（昭和29）年に竣功したもので、2014（平成26）年には大修理事業を行った。
＊拝殿・本殿：本殿は1615（元和元）年鳥居土佐守創建、一間社入母屋造、向拝唐破風造、檜皮葺屋根、安土桃山様式。幣拝殿は1739（元文4）年村上光清建立、八棟造、向拝唐破風造、本殿に接続して全形は権現造。
＊東宮と西宮：本殿の裏手にある。東宮本殿は一間社流造、桧皮葺で、武田信玄が1561（永禄4）年に再建したと伝えられている。反対側にある西宮本殿は一間社流造、桧皮葺で1594（文禄3）年建立とされている。