＊臨春閣は、内苑の中心的な建物で、第1屋、第2屋、第3屋からなる、数寄屋風を加味した書院造の建築。紀州徳川家が紀ノ川沿いの景勝地に建てた別邸｢巌出御殿｣と考えられている。江戸初期の別荘建築としては、宮家の別荘として有名な桂離宮があるが、臨春閣は大名の別荘建築としてわが国唯一の遺構である。
＊旧天瑞寺寿塔覆堂は、1591（天正19）年、豊臣秀吉が母の長寿を祝って、京都大徳寺内の天瑞寺（廃寺）に建てた寿塔（長寿を祝って生存中に建てる墓のこと）の覆堂である。1902（明治35）年三溪園に移築された。
＊月華殿は、もと伏見城内の諸大名伺候の際の控室と伝えられている。12.5畳と15畳の2間の部屋からなる書院造。内部には、海北友松筆と伝えられる障壁画、菊の透かし彫り欄間がある。1918（大正7）年に宇治三室戸寺金蔵院から三溪園に移築された。
＊金毛窟は、月華殿と渡り廊下で接続された一畳台目（1.8畳ほど）の茶室である。床柱が京都大徳寺の山門金毛閣の高欄の架木を用いているのでこの名がある。
＊天授院は、鎌倉建長寺外門の南にあった心平寺という廃寺跡に立っていた地蔵堂を移したもの。心平寺についての歴史は詳らかでないが、江戸時代1651（慶安4）年の建造とされている。茅葺、寄棟造、3間四方の禅宗様建築である。
＊聴秋閣は、1623（元和9）年、3代将軍徳川家光が上洛の際に佐久間将監により京都二条城内に建てられたといわれる茶亭で、当時は三笠閣と称した。小さな2階のついた奇抜な意匠の楼閣建築で、書院造ながら、左右対称形を極度に避け、茶室建築の影響も見られる。
＊春草廬は、三畳台目（3.8畳ほど）の茶室で、月華殿とともに宇治の三室戸寺金蔵院から移された。窓が9つあることから、当時は九窓亭と呼ばれていた。織田信長の弟、織田有楽斎の建てたものとも伝えられているが確証はない。
＊旧燈明寺三重塔は、三溪園中央の丘上に立つ。京都の木津川市の燈明寺（廃寺）境内にあった建物で、総高約26m。1914（大正3）年に移築したものである。燈明寺は聖武天皇の勅願によって創建された古刹。三重塔の建立沿革に関しての記録はないが、建物の様式に室町時代の特徴を見ることができる。
＊旧東慶寺仏殿は、三重塔の南、外苑の最奥に立つ。縁切寺・駆込寺で有名な鎌倉松ガ岡の東慶寺にあったもので、1907（明治40）年に三溪園に移築された。建物は1509（永正6）年の火災後に再建されたものと推定され、その後修理が加えられているが、禅宗様の特色をよく示している。
＊旧矢箆原家（やのはらけ）住宅は、岐阜県荘川村岩瀬（白川郷）にあった入母屋合掌造の民家。江戸時代後期に、飛騨の三長者のひとり、岩瀬佐助の家として高山の大工が建てたものと伝えられている。正面23m、側面13.2m、茅葺、一重三層の建物は、半分が式台玄関付の書院造、半分が農家の造りで、左右まったく違う建築構造をもった豪農住宅である。
＊横笛庵は、旧矢箆原家住宅の手前にある田舎家風の草庵。かつて内部に横笛の像を安置していたところからこの名がある。
＊旧燈明寺本堂は、14世紀初期（室町時代）の建立といわれ、三重塔と同じ京都・燈明寺（廃寺）にあったものを1987（昭和62）年に移築。間口14m、奥行15m、棟12mの瓦葺。