熊本城の北西に位置し、熊本市電本妙寺入口から徒歩約10分にある。
　中尾山（本妙寺山）中腹に建つ加藤家の菩提寺で、開創から400年以上の歴史を持ち、九州における日蓮宗の巨刹として格式を誇る。境内には加藤清正の廟所がある。
　1585（天正13）年、清正が父清忠の菩提のため大阪に建立したのにはじまり、1588（天正16）年、清正が肥後北半国の領主となるに伴い熊本城内に移された。1611（慶長16）年、清正の逝去後、遺言により中尾山中に廟所が造営され、1614（慶長19）年、当時熊本城内にあった本妙寺が焼亡したことを機に、廟所がある現在の地に1616（元和2）年に移転再建された。1877（明治10）年の西南戦争で大本堂が焼失するが、1904（明治37）年に再建された。
　巨大な仁王門をくぐると石畳の参道が続き、両側に12の塔頭が並ぶ。参道の最奥右側に本妙寺大本堂があり、ここから続く胸突雁木（むなつきがんぎ）と呼ばれる176段の石段を登りつめた高台には、加藤清正が眠る廟所があり、法号から浄池廟（じょうちびょう）と呼ばれる。1611（慶長16）年6月24日に熊本城内で亡くなり、遺言により、熊本城に相対し自身が築いた熊本城天守閣と同じ高さのこの地に葬られた。正面に清正の木像を安置しその真下に葬られ、この建物全体が加藤清正の墓である。
　1935（昭和10）年、清正の没後325年忌にあたる年に浄池廟裏手の中尾山八合目に銅像が安置された。階段は25段区切りで300段に作られ、登り切った山腹に長烏帽子に片鎌槍姿の加藤清正の銅像がそびえ立っている。
　毎年7月23日夜に本妙寺最大の行事である頓写会（とんしゃえ）＊が開かれる。