熊本市街地の北東、熊本市電水道町から徒歩15分、熊本電鉄藤崎宮前から徒歩5分にある。熊本の総鎮守といわれ、熊本市を代表する神社の一つである。
　935（承平5）年、朱雀天皇の平将門の乱平定の勅願により、京都の石清水八幡大神（応神天皇、比咩大神（ひめおおかみ）、神功皇后）を国家鎮護の神として熊本の地に勧請したのに始まる。社地はのちに熊本城地となる茶臼山（現在の藤崎台球場）が選ばれた。
　創建以来、朝廷から庶民に至るまで広く信仰をあつめ、往時の社殿は壮大を極めた。南北朝時代と戦国時代には戦場と化し荒廃した時期もあったが、加藤氏、その後、細川氏が肥後の国守に就くと藤崎八旛宮の造営に力を尽くし、社殿造営費をはじめ毎年恒例の諸祭事に至るまで、すべて藩費でまかなわれた。
　1877（明治10）年に西南戦争が勃発し、藤崎台にあった社殿は隣接する熊本城とともに焼失した。社地が熊本鎮台用地になったため現在の井川渕町に移転し、1878（明治11）年に仮殿を造営、1884（明治17）年に本殿が造営された。その後、1985（昭和60）年の鎮座1050年式年大祭を目処に修復整備と新規施設の諸工事が進められ、現在の姿となる。摂社1社、末社9社が鎮座する。
　社宝は木造僧形八幡神坐像と木造女神坐像の二体の神像（いずれも国指定重要文化財）や後奈良天皇の勅額＊などがある。毎年9月中旬に5日間にわたる藤崎八旛宮例大祭が行われる。