香川県と徳島県の県境、雲辺寺山（標高927m）にある、四国霊場八十八ケ所第66番札所。四国霊場では最も標高が高い。寺の住所は徳島県三好市だが、霊場としては古くから讃岐の打ち始めの札所として扱われ、最後の「関所寺」＊である。歩き遍路では一つ前の三角寺（愛媛県四国中央市）から峠を越えて進み、徳島県側から雲辺寺山に登る。次の大興寺への急な下りと合わせて「遍路ころがし」とよばれる難所の一つである。1987（昭和62）年に香川県観音寺市側の山麓からロープウェイで結ばれ、参拝しやすくなった。
　境内は約40haあり、スギ、ヒノキなどの古木が多く、霊気をかもし出している。789（延暦8）年に空海が善通寺建立のための木材を求めて雲辺寺山に登り、この地を霊山として感得し、堂宇を建立したのが起源とされる。空海は807(大同2)年に秘密灌頂の修法を行い、818（弘仁9）年に嵯峨天皇の勅命を受けて本尊を刻み、七仏供養を行ったという。霊場は四国の僧侶たちが集まる修行道場となり、「四国高野」と称された。貞観年間（859〜77年）には清和天皇の勅願寺＊にもなっている。鎌倉時代は七堂伽藍も整備されて、境内には12坊と末寺8ヶ寺を有したという。天正年間（1573〜92年）に土佐の長宗我部元親が雲辺寺に参拝した際、裏山から眼下を望み四国制覇を目指したが、当時の住職に諫められたという伝説が残る。江戸時代になってからは阿波藩主・蜂須賀公の手厚い保護を受けた。
　2009年落成の本堂には御本尊「千手観世音菩薩」の石像前仏が安置されており、重要文化財の本尊は別の収蔵庫に納められている。