＊1　合力による造寺説：平安時代初期に成立した「上宮聖徳太子伝補闕記」では「斑鳩寺被災後…中略・・・百濟聞法師。圓明師。下氷君雑物等三人合造三井寺」（斑鳩寺被災後・・・百濟聞法師、圓明師、下氷君雑物の3人で合力して三井寺を造った）と記している。
＊2　病気平癒祈願による建立説：鎌倉時代前半に法隆寺の僧侶顕真による「聖徳太子伝私記（古今目録抄）」では「建立之様。似法隆寺。此推古天皇ノ年中所建。云云百濟開法師。圓明法師。下氷新物等。三人合テ造ルト云云。」（建立の様は法隆寺に似ている。百濟開法師、圓明法師、下氷新物、3人で合力して造ったといわれている）として「上宮聖徳太子伝補闕記」と同様の記載はあるが、「下氷新物者。即大兄王歟」（下氷新物は山背大兄王ではないか）ともしている。さらに「爲太子御悩消除推古天皇卅年壬午歳。大兄王竝由義等。立此寺。云云大施主者。膳妃也。」（聖徳太子の病気平癒を祈って太子の長子、山背大兄王とその子・由義王がこの寺を建立した。施主は太子の妃、膳妃である）とも記している。
＊3　薬師如来坐像：かつては金堂に安置されていた法輪寺の本尊。飛鳥時代の作。像高110.6cm。クスノキ材の一木造で、一部寄木組みの技法が取り入れられており、内刳（うちぐり）は見られない。薬壷を持たない古い形式の薬師如来像。
＊4　虚空蔵菩薩立像：本尊の薬師如来坐像とともに金堂に安置されていた。飛鳥時代の作。像高175.4cm。寺伝では虚空蔵菩薩としているが、左手に水瓶をもち、右手は屈臂仰掌している姿から観音菩薩ではないかとも考えられている。クスノキ材の一木造で、蓮華座の上に両足をそろえ、直立する。