＊1　本堂：国宝。正面7間、側面5間、入母屋造、天平時代の建築。内部は、天井を張らず化粧屋根裏を見せた簡素な造りで、床は瓦敷とし、周囲1間を外陣（げじん）とする。内陣（ないじん）の中央に円形の須弥壇を設け、その上に本尊薬師如来坐像と十二神将立像を安置している。
＊2　薬師如来坐像：国宝。像高190cmの巨像。一木造と寄木造を折衷した珍しい技法で造られている。彩色や金箔を用いず、わずかに目と眉に墨、唇に朱を用いるだけの檀像風（香木の代用材を使った）の素木像であり、飜波式衣文などとともに平安初期彫刻の特徴を有する。
＊3　十二神将立像：薬師如来を護衛する12の上位の大将で、84,000の眷属（または分身）を率いる。伐折羅（バザラ　戌）、迷企羅（メイキラ　酉）、頞你羅（アニラ　未）、波夷羅（ハイラ　辰）、安底羅（アンテラ　申）、珊底羅（サンテラ　午）、因達羅（インダラ　巳）、宮毘羅（クビラ　亥）、摩虎羅（マコラ　卯）、真達羅（シンダラ　寅）、招杜羅（ショウトラ　丑）、毘羯羅（ビギャラ　子）と称する大将である。12方位を守ることから干支にも譬えられている。昭和の補作である波夷羅大将像（細谷而楽作）を除く11躯は、木造台座裏桟2枚に天平の墨書があることから、天平時代の作とされ、国宝に指定されている。この十二神将は、平安時代に金堂が暴風で倒壊したため高円山麓にあった岩淵寺から移設したものともいわれている。各像とも像高はほぼ等身大で、いずれも忿怒の形相が鋭い。
＊4　962（応和2）年の暴風：「東大寺要録」によると「 応和二年八月三十日。南大門。新薬師寺七仏。仆（倒）依大風也。同日新薬師七堂同仆（倒）」とある。これ以外の災害の記録としては、「続日本紀」には奈良時代の780（宝亀11）年正月の条に、「大雷。灾（災）於京中數寺。其新薬師寺西塔。葛城寺塔。并（並）金堂等。皆燒盡焉」と大きな雷震があって、新薬師寺の西塔などが焼失したと記録が残されている。「大和史料」では東大寺の記録から793（延暦12）年に新薬師寺の復興修理のため、東大寺から追加の施入があったことも紹介している。　　
＊5　南門：境内の入口にある、当寺の表門。切妻造、本瓦葺の四脚門で鎌倉時代の建築。
＊6　東門：本堂の東側にある切妻造、本瓦葺の四脚門で鎌倉時代の建築である。1983（昭和58）年の大修理の結果、創建当時は2本柱の簡素な建物と判明している。
＊7　 鐘楼：南門を入って右側にあり、3間2間、袴腰付、入母屋造、本瓦葺の建物。袴腰を漆喰塗とした珍しい遺構で、鎌倉時代の建立。鐘は天平時代の制作。
＊8　地蔵堂：本堂の前方左手にある。鎌倉時代の小仏堂建築。入母屋造、本瓦葺、1間四方。