公園内には毎春、12品種・約5,500本のサクラが咲き誇る。特に、自然文化園の東大路に延びるソメイヨシノの並木道は満開になると圧巻。このほか、園内各所にカンヒザクラ、カワヅザクラ、ヒガンザクラ、ヨウコウザクラ、セイヨウミザクラ、ジンダイアケボノ、オオシマザクラ、シダレザクラ、サトザクラ、また秋から春にかけて開花するジュウガツザクラが配されている。
　例年、3月中旬～4月初旬にかけて「万博記念公園　桜まつり」を開催。開園時間を延長し桜並木がライトアップされるほか、キッチンカーや露店による飲食サービスの提供、各種イベントが実施され、多くの花見客で賑わう。