＊京都五山：中国南宋時代の五山官寺制度が鎌倉時代に伝わり、鎌倉五山が誕生した。その後、室町幕府が臨済宗寺院を統制するために京都五山の制度を設けた。五山に最高の寺格が与えられ、その下に十刹、諸堂が列したが、その選定や順位は何度か変遷し、足利義満のときに南禅寺を頂点に、1位天龍寺、2位相国寺、3位建仁寺、4位東福寺、5位万寿寺と定まった。
＊勅使門：重要文化財。切妻造、檜皮葺の禅宗様四脚門で、もと京都御所の南門であったと伝える。
＊三門：重要文化財。1526（大永6）年に単層の門として建立され、1589（天正17）年、利休が上層を完成したという。5間3戸、入母屋造、禅宗様建築である。上層に釈迦三尊・十六羅漢像とともに利休像を安置。
＊仏殿：重要文化財。正面5間、側面4間、重層、入母屋造の禅宗様建築で、1665（寛文5）年の再建である。内部には本尊釈迦如来像を安置し、天井画の飛天は狩野元信筆という。
＊法堂：1636（寛永13）年の建築で、小田原城主稲葉正勝の寄進。正面7間、側面6間、仏殿と同型である。内部は瓦敷で、天井に狩野元信筆の雲龍図がある。
＊方丈：国宝。1636（寛永13）年に京都の豪商後藤益勝が建立した。単層、入母屋造、桟瓦葺の簡素ながら大建築である。人物・山水・花鳥図の方丈障壁画83面（重要文化財）は狩野探幽の作。普通、方丈は6室だが、ここは8室に分かれ、1室を開山堂「雲門庵」としている。方丈に付属する住持専用の玄関も国宝。　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　方丈庭園：特別名勝・史跡。南庭は169世住持天祐紹杲（じょうこう）の作。白砂を敷き詰め、中央手前に2基の砂盛、東南隅に巨石を中心として石組を連ね、背後に椿の刈込みをあしらっている。東庭は小堀遠州作と伝え、七・五・三に石を配し、かつては比叡山を借景としていたが、今は背後を生垣で隠している。
＊唐門：国宝。方丈南庭背後の土塀に設けられた切妻造、檜皮葺の四脚門で、聚楽第の遺構と伝える。前後に軒唐破風が付けられ、獅子・松・孔雀・滝に鯉などの装飾彫刻が豊富に施された桃山時代特有の絢爛豪華な建築。
＊龍源院：客殿・表門・木造釈迦如来坐像はいずれも重要文化財。客殿北側の龍吟庭は、苔庭に三尊石組を置く室町時代の枯山水庭園。
＊瑞峯院：大友宗麟自ら菩提寺として創建。客殿・表門は重要文化財。客殿の周囲にある3庭は、重森三玲の作で、北庭はキリシタン大名であった宗麟にちなみ、7つの石を十字架になぞらえて据えている。
＊大仙院：1509（永正6）年の創建。国宝の客殿は1513（永正10）年の建立。床の間と玄関を設けた客殿としては日本最古とされる。客殿北東部から東側にかけてつくられた国史跡・特別名勝の庭は、巨石の滝石組みから流れ下って大河となる水の流れを表現する、室町時代を代表する枯山水庭園。書院は重要文化財。
＊真珠庵：一休宗純が開祖。江戸初期に再建された方丈は重要文化財。長谷川等伯や曾我蛇足の襖絵も重要文化財だが、現代の襖絵にも注目。客殿東庭は七・五・三に石を組んだ細長い枯山水庭。