叡山電鉄鞍馬線貴船口駅から北へ約2km、貴船川畔にある。貴船口駅からバスなら4分の貴船下車、徒歩5分。祭神は水の供給を司る神・高龗神（たかおかみのかみ）。賀茂川の水源地に祀られ、818 （弘仁9）年以来、治水の神・祈雨祈晴の神として崇められ、日照りや長雨、国家有事の際には必ず勅使が差し向けられ、祈雨には黒馬、止雨には白馬を献上したという。もとは現在の奥宮の地に祀られたが、1055（天喜3）年に現在地へ。中世以降は上賀茂神社の摂社となったが、1871（明治4）年に官幣中社となり、独立。社名も、古くは木船、貴布祢と書かれたが、独立後は貴船＊と改めた。
　石段を上がった先に鎮まる本宮本殿は、2005（平成17）年に新たに建て替えられたもの。社務所手前には重森三玲（しげもりみれい）による石庭がある。貴船山の湧水である御神水に浸す水占いが人気。紅葉でも知られる。川沿いには料理旅館が並び、夏には涼味漂う川床が出される。
　本宮本殿から徒歩7分の結社（ゆいのやしろ）と呼ばれる中宮は、古くから縁結びの神としての信仰を集め、和泉式部も参詣した。結社から奥宮までは、さらに徒歩5分。奥宮本殿左には、社の創建に関わる石を船形に積んだ船形石＊があり、漁業関係者の信仰が篤い。