奈良市街の北東、京都府木津川市の当尾（とうの）の丘陵にあり、JR加茂駅からバスで約20分。
　寺名は薬師如来の東方浄土、浄瑠璃世界からきている。寺伝では1047（永承2）年、義明（ぎみょう）上人によって建立された西小田原寺が前身。1107（嘉祥2）年、浄土信仰の隆盛とともに本堂（阿弥陀堂）が、1150（久安6）年に浄土式庭園が造られ寺観が整えられた。 この寺は伽藍の配置に特色がある。古い寺院の金堂（本堂）や都の大極殿などは南面が原則であるが、平安時代中頃から京都を中心に、阿弥陀如来を東面に祀り、その前に池を造る形が出てくる。平等院鳳凰堂はその典型。浄瑠璃寺は、太陽が昇る東方にある浄土の教主・薬師如来を東に祀り、その太陽が沈んでいく西方にある浄土の教主・阿弥陀如来を西に祀り、その間に池を造る。春分・秋分の「彼岸の中日」には、九体仏の中尊、来迎印の阿弥陀仏の後方に沈んでいく。
　現在もゆるやかな汀を見せる庭園の宝池をはさんで、東に薬師仏を祀る三重塔、西に9体の阿弥陀仏を安置する本堂＊が建つ。さらに池の北側には、秘仏大日如来像を祀り、通常は書院として利用されてきた南向きの灌頂堂がある。阿弥陀仏が9体並ぶため、本堂は横に長い九体阿弥陀堂形式となっている。これは1022（治安2）年、藤原道長が無量寿院（法成寺阿弥陀堂、今は廃寺）を建立して以来流行し、藤原時代には京都を中心に30棟余つくられたが、現存するのは浄瑠璃寺だけで、平安時代の浄土信仰を代表する本堂である。
　なぜ9体もの阿弥陀像があるのか。観無量寿経による阿弥陀如来の極楽浄土に往生するには9段階ある。すなわち上品・中品・下品の3品にそれぞれ上生・中生・下生の3等があり、このことを九品という。このため1体よりも9体の阿弥陀像を並べたほうが功徳があると思われた。9体とも桧の寄木造、漆箔を施す。最も大きい中尊は来迎印（らいごういん）を、8体は弥陀定印（みだじょういん）を結ぶ。造像年は1047（永承2）年と1107（嘉承2）年の2説があるが、仏像は定朝様＊の温和な姿である。その他、左隅に国宝の四天王立像＊が、中尊の横の厨子内には美しさで知られる秘仏の吉祥天女立像＊が祀られている。また本堂に向かって右脇段には不動明王立像を安置。その脇侍は制多迦（せいたか）童子と矜羯羅（こんがら）童子で、矜羯羅童子のあどけない表情がかわいい。
　国宝の三重塔は、3間四方、桧皮葺、高さ16m。京都から移築されたものと伝わり、典型的な藤原時代和様建築。初重に藤原時代の薬師如来像を安置する。薬師如来像の拝観は、1月1～3日と8～10日・春秋の彼岸の中日・毎月8日、悪天候の場合を除き開扉する。
　史跡・特別名勝に指定されている池と庭園は、興福寺の僧であった伊豆僧正恵信が1150（久安6）年に入寺し、伽藍や坊舎を整備したときに始まる。1205（元久2）年、石を立てるなどしそれを補強。1975（昭和50）年、数百年ぶりと思われる大規模整備を行い洲浜等を復元。さらに2010（平成22）年に再整備をした。