＊山王七社：地主神を祀る東本宮・牛尾宮・樹下宮・三宮のほかに、西本宮、八幡神を迎えた宇佐宮、白山比咩（ひめ）を迎えた白山宮をいう。さらに中世には、上七社・中七社・下七社の山王二十一社、坂本・比叡山中の神々による境外の百八社など含め、おびただしい神々が祀られた。
＊東本宮：比叡の地主神、大山咋神を祭神に、二宮、小比叡社と呼ばれた。西本宮の社殿配置と同様、楼門・玉垣の中に拝殿と本殿が立つが、この垣内に摂社樹下宮本殿と拝殿、大物忌（おおものいみ）神社も置かれ、複雑になっている。東本宮本殿も日吉造（ひえづくり）で1595（文禄4）年の造営。
＊西本宮：境内の西方にある。大己貴神を祭り、大宮ともいった。朱塗の楼門と透塀（すきべい）の奥に拝殿・本殿が一直線に並ぶ。本殿は日吉造といわれる特殊な形式の建物で、1586（天正14）年秀吉の時代に再建されたが、この形式のできた平安時代の様式をよく踏襲している。切妻造、桧皮葺平入の屋根の前と左右の三方に庇をつけ、正面から見ると外観は入母屋造だが背面にまわるとカブト型になっている。
＊樹下（じゅげ）宮：祭神は大山咋神の妃、鴨玉依（かものたまより）姫神である。東本宮本殿・拝殿に対し直角に本殿・拝殿が立つため、楼門から見ると本殿の妻の美しい流れがわかる。本殿は三間社流造、桧皮葺、華麗な飾り金具が印象的である。拝殿ともに1595（文禄4）年に造られた。
＊日吉三橋：大宮川にかかる石橋で、上流から大宮橋、走井橋（はしりいばし）、二宮橋とつづき、寛永から寛文年間に木橋から石橋に変わったとされる。3橋ともそれぞれ構造が異なり、西本宮に通じる参道に架かる大宮橋は、最も重厚にして特異な構造にできている。これに比較すると走井橋と二宮橋は簡素な造りとなっている。
＊山王鳥居：ふつうの神社でみられる鳥居は明神鳥居というが、この鳥居は、別名破風鳥居・合掌（がっしょう）鳥居といわれるように、明神鳥居の上に三角形の屋根の破風をつけたような形をした、朱が鮮やかな鳥居。これは｢山王｣の山の字を形象したものといわれる。
＊西本宮本殿：朱色の楼門・拝殿はともに国指定重要文化財で、本殿は国宝である。安土桃山時代の建造で、西本宮は大比叡ともいわれ、天智天皇が大津宮を造営するときに、大和の三輪明神（現･大神神社、奈良県桜井市）を勧請したと伝える。そのため祭神は、三輪明神と同じ大己貴神（おおなむちのかみ）である。本殿は、1586（天正14）年に豊臣秀吉が寄進したものと伝えられる。様式は平安時代の聖帝造＊（日吉造）で、ほかに例を見ない。
＊宇佐宮：西本宮の東隣。
＊白山宮：宇佐宮のさらに東に三間社流造の本殿が立ち、その傍らに小さな見世棚造（みせだなづくり）の社殿が並んでいる。
＊牛尾宮・三宮：八王子山頂にほど近く、大きな岩石の前の崖ぎわに2社の本殿と拝殿が立つ。比叡の神が最初に祭られたところで向かって右が牛尾宮、左が三宮で、舞台造の拝殿に本殿がつながった特殊な建物になっている。
＊大山咋神：またの名は山末之大主（やますえのおおぬし）神。この神は「近淡海（ちかつおうみ）国の日枝の山に坐し、亦葛野（かずの）の松尾に坐して、鳴鏑（なりかぶら）を用つ神ぞ｣と記されている。松尾は京都市洛西の松尾大社のこと。
＊白山比咩（ひめ）神：福井、石川、富山、岐阜にまたがる霊峰白山の神様といわれる。
＊日吉東照宮：境内の南西、坂本ケーブル駅に近い高台に位置する。1623（元和9）年、天海僧正によって造営されたという。日光に劣らず、平唐門にとりつく菱格子の透塀（すきべい）、拝殿と本殿を石の間で結ぶいわゆる権現造の社殿など、いずれも黒漆塗、極彩色で彫刻が絢爛豪華に飾られている。
＊神輿収蔵庫：比叡山の僧兵による神輿振（みこしぶ）りで知られた日吉の神輿7基を納める。いずれも桃山時代の金工技術を使用した豪華なもので、重さは1.5～2ｔ。山王祭に出御する。
＊聖帝造（しょうたいづくり）：日吉造は別名を聖帝造ともいい、全国でも稀な特殊な構造。正面三間と側面二間の三方にのみ庇を伸ばし、背面は切り落としたような屋根になっている。