高山駅から700m程にある。江戸時代1692（元禄5）年に飛騨が幕府直轄領となり、その出先機関として高山城主だった金森氏の下屋敷を陣屋としたもの。明治維新まで25代の代官・郡代が江戸から派遣され、飛騨の行政・財政・警察などの政務を行った。御役所・郡代役宅・御蔵等を併せて「高山陣屋」と称する。
　陣屋設置以来、江戸時代1725（享保10）年、1816（文化13）年と数度改築がなされた。幸いにも火災を受けなかった。明治時代以降も地方官庁として使われ、1969（昭和44）年まで県事務所として利用された。県事務所が移転したのを機に、1996（平成8）年まで三次にわたり復元修理と復旧事業を行ない、江戸時代の高山陣屋の姿がほぼ甦った。
　玄関之間の大床には、吉祥文様の青海波（せいがいは）が描かれている。内部には、御役所、御用場、書院造りで49畳敷の広間、代官と家族が暮らした役宅（やくたく）、取り調べを行ったり判決を言い渡した吟味所・御白州（おしらす）などがある。
　敷地内には、旧高山城三ノ丸から移築した御蔵（おんくら）があり、かつては近隣の村々から納められた年貢米を収納する米蔵であった。現在は、資料館として幕府直轄領時代の飛騨の概要や大原騒動＊などの歴史を物語る資料が展示されている。