岩山の上で平地が少ないので、懸造（かけづくり）＊で補って建造物を構築する、天然の巨岩を利用する、岩の上や岩を囲いながら石垣を積むなど、自然の地形を有効に活かした城郭構造である。
　天然の巨岩を利用して構築された石垣は全国的にも非常に珍しい。 「大矢倉」などで岩を抱きかかえるように積まれた石垣が見られる。更に、石垣が年代によって異なる四種類の技法＊で積まれているのも大きな特徴である。
　江戸時代は信濃と美濃の国境付近で木曽へ続く中山道と飛騨への街道を見晴らせる場所であり、軍事上重要な城だった。
　天守展望台からの眺めは素晴らしく、恵那山、木曽川、中津川市街が一望できる。苗木城跡を望む景色も素晴らしい。A1駐車場から近い「足軽長屋」からは、正面に天守展望台が見上げられて、写真撮影の好適地である＊。
　天守は石垣だけだが、中津川市作成のパンフレット「国指定史跡　苗木城跡」より当時の姿をイメージさせるCGをみると、天守の概念を超えた建物として描かれており、その迫力に驚かされる。
　木曽川に架かる玉蔵大橋や城山大橋は、川と山と空の雄大な風景に溶け込んだ魅力的な苗木城が見られるビューポイントである。