能登一ノ宮として知られ、かつては国幣大社に列せられていた。羽咋駅の北方約4km、海を望む高台にあり社叢を背に神門・拝殿・本殿・摂社などが並ぶ。創建年代は明らかでないが、古くは崇神天皇が社頭を造営したといわれ、大己貴命（オオナムチノミコト）を祀っており、奈良時代にはこの地で祭祀が始まったとされている。大伴家持が参詣した際の和歌が「万葉集」に載っていることでも知られ、古代から多くの信仰を集めていた。中世から近世には、能登国守護畠山氏や加賀藩前田家歴代藩主の崇敬を受けて、現在の社殿が造営された。本殿、拝殿、神門、摂社白山神社、神庫、随身門はその寄進によるものである。社殿の背後に広がる社叢（国指定天然記念物）には、素戔嗚尊と櫛稲田姫命を祀る奥宮が鎮座し、「入らずの森」と呼ばれる神域となっている。椎・椿・ヤブニッケイなど、暖地性高木の老樹が多く、北陸地方における原生的な林相を残すものとして学術的価値が高い。御祭神である大己貴命は出雲大社では大国主大神（オオクニヌシノオオカミ）といわれる縁結びの神様であることから、近年、縁結びのパワースポットとしても知られる。春と秋に豊漁を願うために行われる「御贄祭」のほか、春の訪れを告げる「平国祭」、夏の「大祓式」、秋の「新嘗祭」、年末には次の年の吉凶を占う「鵜祭」など、四季折々に数多くの神事が行われている。
　参道の西側にある「正覚院」は氣多大社の神宮寺として重要な役割を果たしてきたが、明治期の神仏分離で真言宗寺院として独立した。その際に、氣多大社の大講堂に安置されていた阿弥陀如来坐像（重要文化財）や長谷川等伯の仏画、石動山関係の資料など多くの宝物が移され、正覚院の所蔵となった。