＊昭和前期まで、魚津の海岸線は広い砂浜で、信濃の浜と呼ばれていた。1929（昭和4）年、この浜の北側に魚津港が造られることとなり、海岸を掘削する工事が始まった1930（昭和5）年、地表より60～110cm掘り下げたあたりから大量の立木の根株や倒木が発見された。根株はそれ以前から波打ち際に顔を出していたため、その存在自体は知られていた。そうした樹根の調査を考えていた旧制魚津中学校（現魚津高等学校）の山家教諭は、掘削工事に立ち会い、樹根出土の確認と調査を行った。この時の調査研究が、全国の研究者より注目され、東京大学の辻村太郎博士らが調査。その結果、魚津埋没林の重要性を認め、1933（昭和8）年、天然記念物に仮指定された。翌1934（昭和9）年には東京大学の脇水鉄五郎博士が文部省天然記念物調査員として現地調査を行い、1936（昭和11）年、天然記念物に指定。1955（昭和30）年、特別天然記念物の指定を受けた。指定は、天然記念物の中の地質鉱物（化石）に分類され、埋もれている樹根そのものに加え、それを含む土地6,150ｍ²が対象となっている。その指定地は魚津埋没林博物館の敷地に含まれており、館内に展示されているもの以外に、博物館敷地の地下にまだ埋没林が存在している。