常行堂・法華堂をつなぐ歩廊を抜け、坂道を200mほど登りつめた山の上にある。慈眼大師の号を贈られた天海大僧正の墓所で、廟塔・拝殿のほか、阿弥陀堂・経蔵・鐘楼などが立ち、参道の賑わいとはうって変わって、ものさびしい雰囲気に包まれている。
　慈眼堂拝殿は八棟造、総朱塗の豪壮な建築、その背後に廟塔がある。石柵で囲まれた高さ約3mの花崗岩の五輪塔を守って六躯の天部像が立ち、背後は深い杉木立になっている。拝殿前の経蔵は、天海大僧正の収集した書籍を納め、天海蔵と呼ばれて、珍本の多いことで知られている。境内は輪王寺の所管。
　なお慈眼堂の西側には歴代法親王の墓所があり、境内に接して南側には、日光山最後の法親王であった北白川宮能久親王祀る護王殿がある。