福江島の北、福江港から車で15分の距離にある。禁教令が解かれてすぐの1873（明治6）年9月、信者の要請で、長崎より五島へ、若きフランス人宣教師フレノ神父が訪れた。彼の野外ミサには多くの人が集まった。同年12月24日夜、堂崎の浜辺で、初めての降臨祭（クリスマス）を祝った。1877（明治10）年に、フレノ神父とマルマン神父が五島常駐となり、1880（明治13）年に、堂崎に仮聖堂を建てた。翌年、残ったマルマン神父は間引きから子供を救うため、大泊の民家を借りて子部屋（今の奥浦慈恵院）を作った。大泊が狭くなると、堂崎に子部屋を移し、保母として働く修道女を育成する女部屋（現、お告げのマリア修道会奥浦修道院）を作った。マルマン神父のあとを引き継いだペルー神父が、増えていく信徒のため、フランスからの援助金を投じながら、1908（明治41）年に、煉瓦造りの堂崎天主堂＊が建てられた。しかし近年、教会堂が老朽化したので、ミサなどの教会の機能は、司祭らが常駐する浦頭教会＊から司祭らが巡回することで維持されている。堂崎教区は廃止され、現在は浦頭小教区に属している。
　1977（昭和52）年には、教会内部にキリシタン資料館が開設された。