長崎ペンギン水族館は長崎市中心街の東側の橘湾に面して立地しており、長崎駅前交通広場バス停からバスで約30分で到達する。
　長崎ペンギン水族館の前身である長崎水族館は1959（昭和34）年に開館しているが1998（平成10）年に閉館した。しかし長崎市民やペンギンファンの願いもあり、移転・規模縮小の上で2001（平成13）年に体験型水族館として長崎ペンギン水族館が開館している。
　旧長崎水族館は捕鯨船が南氷洋から持ち帰ったペンギンを優先的に受け取ることができ、南氷洋からの4羽のヒゲペンギンを展示飼育した。飼育・繁殖技術については長崎水族館時代から多くのノウハウを持ち、海外の文献に「長崎方式」として知られている。
　現在のペンギン水族館は総面積 32,000ｍ^２（陸域 22,000ｍ^２、水域10,000ｍ^２）であり、水域を確保して利用しており、世界に生息するペンギン18種類のうち9種のペンギン約180羽を飼育している。
　ペンギン水族館には様々な魚も見ることができるが、ペンギンに限った施設としては亜南極ペンギンプール＊、ペンギン情報室、コガタペンギン飼育室＊、温帯ペンギンゾーン＊、屋外のふれあいペンギンビーチなどがある。また研究機関としてペンギン研究室＊を設けている。