島原半島の南部、有明海に突き出た台地上にあり、島原・天草のキリスト教徒の領民や小西行長の旧臣等が起こした一揆、島原・天草一揆の最後の籠城戦となった城跡。島原鉄道島原駅または島原港から島原半島の東海岸沿いに南へ約25kmのところにある。
　原城は、15世紀末にはすでにあったとされるが、本丸などは1599（慶長4）から1604（慶長9）年の間にキリシタン大名であった有馬晴信＊により完成させたことが文献や発掘調査などで明かになっている。有馬氏が転封されると大和国（奈良県）五条から松倉重政が入封し、新たに島原城を築城したため、1618（元和4）年に原城は廃城となった。キリシタン大名の有馬晴信が支配した島原の地は、住民の多くもキリスト教徒だったが、江戸幕府は徐々にキリスト教の禁教政策を強化していき、松倉氏の時代になるとキリスト教徒は厳しい弾圧を受けた。こうした中、松倉氏の厳しいキリシタン弾圧と税の取り立て、そして飢饉をきっかけとして、1637（寛永14）年に島原・天草一揆が起きた。一揆の最終段階で廃城となっていた原城跡に、益田四郎（天草四郎）＊を総大将とする、島原・天草の領民と小西行長の旧臣等約2万数千人が立て籠ったため、この地は鎮圧しようとする幕府軍12万人との激戦の舞台となった。同城跡が三方を海に囲まれ、西方は低湿地に面する天然の要害であったことや幕府軍が一揆を甘く見て拙速な戦術を繰り返したことなどから戦いは4か月に及んだ。しかし、圧倒的に武力の差があったため非戦闘員を含む一揆勢のほとんどが殺されるという形で終結をみた。この事件を契機に幕府のキリスト教に対する警戒心はさらに高り、1639（寛永16）年にはポルトガル船の来航を禁止し、1641（寛永18）年には平戸のオランダ商館を出島に移すなどして、幕府はキリシタン弾圧の強化と海禁政策の徹底を図った。
　これまでの城跡の発掘調査では、籠城戦で幕府軍に破壊された石垣などの遺構や信心具などの出土品が発見されている。城跡の北西2kmほどのところにある有馬キリシタン遺産記念館＊では、これらの出土品や人骨のレプリカなどを収蔵展示している。