島根半島の東、美保関港を目の前にする山麓にある。創建は未詳だが、「出雲国風土記」（733（天平5）年）に記載のある古社。事代主神（ことしろぬしのかみ）の総本宮で、母神である三穂津姫命（みほつひめのみこと）をともに祀る。事代主神（ことしろぬしのかみ）は大国主命の第一子といい、えびす様の名で知られ、漁業及び海上安全の神として信仰されている。三穂津姫命（みほつひめのみこと）は高天原から稲穂をもって降られた神という。海上安全、大漁満足、五穀豊穣、商売繁盛の守り神として崇敬を集める。
　本殿は大社造りを二棟並べて装束の間でつないだ建築で、比翼大社造りまたは美保造りと言われる非常に珍しい形式。様式的には戦国期まで遡ることができるが、吉川広家が征韓戦捷の奉賽とし1596（文禄5年）に造営した本殿は、1800（寛政12）年の美保関大火にて焼失した。現在の建物は1813（文化10年）建立のもので、1982（昭和57）年に国の重要文化財の指定を受けた。
　美保神社のある美保関はかつて北前船などが多く行き交う船の要衝地、風待ちの港として栄えていた。｢関の明神さん（えびす様）は鳴り物好き、凪（なぎ）と荒れとの知らせある｣と、船乗り達が言い伝えたことから、船乗りの美保神社に対する信仰心は非常に篤く、海上安全や諸願成就などの祈願のため、様々な地域から夥しい数の楽器が奉納されてきた。