金剛三昧院は高野山金剛峯寺から徒歩10分、小田原通りから南へ入った閑寂な地にある。1211（建暦元）年に鎌倉幕府初代将軍・源頼朝公の菩提を弔うために、その妻で尼将軍としても名高い、鎌倉二位禅尼・北条政子が創建した。開山に日本臨済宗の開祖である、明庵栄西禅師を請じ入れ、もとは禅定院と称したが、源実朝の死を悼んで堂塔を興し、現寺号に改めた。代々著名な学僧が出、鎌倉幕府との関係も深く、高野版＊1の開版など教学の中心として栄えた。
　本尊の愛染明王は政子が仏師運慶に依頼し、頼朝公の等身大の坐像念持仏として作らせたものである。国宝の多宝塔は1223（貞応2）年、政子が頼朝のために建立したと伝え、石山寺に次いで古い。高さはおよそ15m、3間4面、檜皮葺で外部は朱塗、内部の梁や柱には優雅な宝相華文を施し、仏師運慶作と伝えられる五智如来像を安置する。初層が低く、2層目はよく引き締まり整った姿を見せる。一般的に裳階（もこし）と呼ばれる、本来の屋根の下にもう一重屋根を重ねる建築様式で、外観は二階建てに見られるが実際は一階建てである。屋根の一辺はおよそ9メートルに及ぶ。経蔵の建立は1223（貞応2）年頃で、建築様式が奈良にある東大寺正倉院などと同じ校倉造りをしており、鎌倉時代初期の校倉造りの建立物としては現存状態が非常によく、重要文化財に指定されている。また、金剛三昧院は世界遺産「紀伊山地の霊場と参詣道」の構成要素の一つで、塔頭寺院として唯一選ばれた。