比叡山の麓の自然を生かして、それぞれに特徴のある庭が造られている。主庭の書院前庭「瑠璃の庭」は一面苔に覆われ、その間を一条のせせらぎが優雅な曲線を描いて流れていく。茶室「喜鶴亭」の前庭「臥龍の庭」は、天に駆け昇ろうとする龍を、水の流れと石組みで躍動的に表した池泉庭園である。山門から玄関までの傾斜地にある「山露路の庭」は、苔むした庭から茶室「喜鶴亭」と十三重の石塔が見え隠れする。庭内全体には数十種のカエデがあり、春の青もみじ、秋の錦繍を競い合う。また馬酔木（あせび）も群生し、春に白いつぼ形の可憐な花を咲かせる。
　近年、書院の2階に置かれた写経机の天板に、青もみじや紅葉が映り込む光景がSNSなどで人気を呼び、「机もみじ」の名所といわれる。