＊三尾：京都市北西郊の高雄（高尾）、槇尾、栂尾を三尾（さんび）という。
＊和気清麻呂：733～799。奈良末期～平安初期の公卿。弓削道鏡が皇位を奪おうとした事件では宇佐八幡の信託をもって道鏡の野心を封じ、そのため大隅に流された。のち桓武天皇の信任を受け平安京の造営大夫となった。
＊文覚上人：生没年不詳　平安末期～鎌倉初期の真言宗の僧。俗名は遠藤盛遠といい上西門院の北面の武士であったが、源渡の妻・袈裟御前に横恋慕したあげく誤って殺したため、出家した。荒行を積み、神護寺の再興に力を尽くしたが、伊豆に流され、源頼朝の知遇を得た。のち佐渡、対馬に配送され、没す。
＊大師堂：毘沙門堂の西南に立つ、納涼房ともいい、1168（仁安3）年に再建されたものを桃山時代に改築した。入母屋造、柿葺で妻入の住宅風建築。本尊は板彫弘法大師像である。この像は半肉彫ながら立体感に満ち、唇に朱の彩色を施す。1302（正安4）年、定喜の作で鎌倉彫刻の秀作。
＊梵鐘：875（貞観17）年の制作。境内の北、和気清麻呂霊廟の奥にある鐘楼に架かる。高さ148cm、口経80cmで、形の平等院、音色の三井寺、銘の神護寺といわれる日本三名鐘の一つ。また4面に書かれた銘文の詞は橘広相（たちばなひろみ）、銘は菅原是善（これよし）、書は藤原敏行で当代一流の人物によったため三絶の鐘とも呼ばれる。
＊硯石：空海が神護寺で修行していたとき、嵯峨天皇が金剛定寺の門額を書くよう勅使を送ってきた。ところが清滝川が増水して勅使が川を渡れなかったので、空海はこの岩で墨をすり、空に向かって金剛定寺と書いたところ、文字が金剛定寺に飛んでいき、門額に金剛定寺の文字が現れたといわれる。
＊薬師如来立像：金堂の本尊で、神護寺の前身である河内国の神願寺開創時の本尊と思われる。高さ170cm、頭部から台座の蓮肉まで檜の一木で彫られ、唇・眼のほかは彩色を施さない素木造である。瞼・鼻・唇・衣文に鋭い彫り跡があり、森厳な表情をたたえ、量感に満ちた造像で、貞観彫刻の傑作である。
＊五大虚空蔵菩薩坐像：多宝塔の本尊で、塔内右手から緑色宝光・赤色蓮華・白色法界・黒色業用・黄色金剛の5体が並ぶ。檜の一木造、胡粉彩色を施し、女性的な艶麗さの漂う像で、大阪府河内長野市の観心寺の如意輪観音坐像と共通した手法が見られる。836（貞和3）年ころの製作。金堂の薬師如来立像と同じく貞観時代の真言密教彫刻の代表作。
＊かわらけ投げ：清滝川の渓谷「錦雲峡」に向けて、疫病退散や魔除けなどの願いを込めて素焼きの皿を投げる。
＊藤原隆信：1142～1205。平安後期の公卿。為経子で歌人定家の異父兄。歌人・絵師としても知られる。特に肖像画にすぐれ似絵の分野を開拓。大和絵風肖像画の第一人者。