市バス一乗寺清水町から徒歩20分。延暦年間（728～806）、最澄が比叡山上に建てた小堂を草創とする。のちに比叡山の西塔北谷に移され、東尾坊と称した。947（天暦元）年、北野神社（現北野天満宮）が造営されると、当時の住持、是算国師は菅原氏の出であったので勅命により別当職に補せられ、以後歴代、明治の初めまで、これを兼務した。
　平安後期の天仁年間（1108～1110）に曼殊院と改められ、北山に別院を建立。のち御所の近くに移転した。文明年間（1469～1487）に伏見宮貞常親王の皇子・慈運親王が入寺して以降、代々法親王が門主を務める門跡寺院となった。1656（明暦2）年、修学院離宮の南の現在地に移転。現在に残る建物や庭園はこのときのもので、桂離宮を造営した八条宮智仁（としひと）親王の御子の良尚法親王が造った。桂離宮とともに日本を代表する数寄屋風書院建築で、その様式は桂離宮との関連が深いことから、曼殊院は「小さな桂離宮」といわれる。
　庫裏＊、大書院（本堂）＊、小書院＊、茶室の八窓軒＊、大玄関の虎の間の襖絵「竹虎図」＊などは重要文化財の指定を受けている。庭園は国の名勝である。寺宝として、国宝の絹本著色不動明王像と古今和歌集があるが、ともに京都国立博物館に保託されている。