拝観入口の手前に建つ長屋門の前で、大枝を伸ばしたクスノキの巨木が出迎える。樹齢約800年といわれるクスノキの巨木は境内に5本あり、いずれも京都市の天然記念物に指定されている。川端康成は『古都』で、「千重子たち三人は、その楠の前に立って、・・・じいっと、ながめていると、大楠の枝の、ふしぎな曲り方に、のびひろがり、そして、まじわった姿には、なにか不気味な力がこもっているようでもある。」と、青蓮院門跡のクスノキに接したときの感動を表わしている。
　クスノキとともに庭園の美しさがあげられる。小御所から華頂殿に広がる池泉回遊式の庭は、室町時代の相阿弥＊の意匠と伝える。池を中心とした庭で、石組と柔らかな曲線の築山が巧みに生かされている。すぐ北に続く華頂殿の東は、キリシマツツジがみごとな霧島の庭といい、小堀遠州の作と伝える。二つの庭の中間、好文亭前に大森有斐作の苔庭が広がる。
　2005年には客殿である華頂殿に、”ロックな壁画絵師”として活躍する木村英輝氏が奉納した、60面にもおよぶ鮮やかな青い蓮の襖絵が飾られ、フォトジェニックスポットとして人気となっている。
　また、青蓮院門跡の飛び地境内である将軍塚青龍殿には、通称青不動と呼ばれる国宝の絹本著色不動明王二童子像＊が祀られているので（通常拝観できるのは復元模写）、こちらもぜひ訪れてほしい。山の上にある将軍塚青龍殿には600畳分もの広さの木造の舞台があり、京都市街を見渡せる。