江戸前寿司や箱ずしの起源となるなれずしの一種。琵琶湖産のニゴロブナ＊を塩漬けにし、さらにごはんに漬けて乳酸菌の力で発酵させる。ニゴロブナは2～5月に漁獲され、そこから仕込みが始まる。大きな魚だと発酵完了まで2年ほどかかる＊。
　なれずしはおもに正月などハレの日の食べ物として多くの家庭で作られていた。正月などのめでたい席では、たくさんの卵をもったニゴロブナのメスが珍重され、喜ばれる。
　ふなずしには整腸作用や抗菌性などが期待されるため、日常の滋養食としても食卓にのぼっている。しかし、ニゴロブナの漁獲量は1965（昭和40）年ころ推定で500ｔあったが、1989（平成元）年には178ｔ、1997年（平成9）年にはわずか18ｔに減少。そのため、漁業者と県がニゴロブナの増殖事業や資源管理に取り組み、近年は40～50ｔで推移している。