琵琶湖の東、鈴鹿山脈の麓に位置し、名神高速道路湖東三山スマートI.Cから約10分である。西明寺（さいみょうじ）・金剛輪寺（こんごうりんじ）と並んで湖東三山の一つに数えられ、最も南にある。
　寺伝では、606（推古天皇14）年に聖徳太子の勅願により創建されたという古刹。仏教が朝鮮半島の百済（くだら）国経由で伝来したことから山号を「釈迦山」、寺号を「百済寺（ひゃくさいじ）」と称する。
　天台宗に改宗後は300坊を擁するなど寺勢を誇ったが、1573（元亀4）年に織田信長の焼き討ちで全山を焼失した。江戸時代に井伊氏などの寄進で本堂・仁王門・山門等が再建された。
　現在は、総門（赤門）から石垣参道に沿って400mほど登ったところに本坊喜見院（きけんいん）があり、その表門内側の書院に面して壮大な池泉回遊・鑑賞式庭園がある。更に、苔むした石段の参道先に、仁王門と大草鞋（おおわらじ）が見えてくる。仁王門の正面に吊り下げられた大草鞋に触れると身体健康・無病長寿のご利益があると古くから伝わる。仁王門を過ぎると本堂に至る。