本堂は、7間の正面を崖に向け、側面は6間で木割太く、入母屋（いりもや）造・檜皮葺きである。1524（大永4）年に再建された。三重塔は、方3間、柿葺、朱塗。擬宝珠（ぎぼし）に1597（慶長2）年の刻銘。隣に宝形の朱塗りの護摩堂（1606年建立）がある。
　本堂西の三仏堂（さんぶつどう）を背にして前方を見ると、「この先崖」と示され、『明治45年』と刻まれた石柵の向こうには、大きく伸びた杉の木の間から近江の母なる琵琶湖が見え、遠くには三上山を背に湖東平野や比良山系などを望み、近江八幡の水郷風景が広がっている。
　大正時代から第三高等学校（現京都大学）の寮歌としても歌い継がれている『琵琶湖周航の歌*』の6番には、「西国十番　長命寺　汚（けが）れの現世（うつしよ）遠く去りて　黄金（こがね）の波に　いざ漕（こ）がん　語れ我が友　熱き心」とある。
　参道入口前の自家製餅入り長命うどん・そばが名物で、琵琶湖で獲れた魚を使った佃煮もある。