JR草津線甲西駅と三雲駅のちょうど真ん中から北東方向に位置する岩根山（標高405ｍ）の中腹にあり、湖南三山の一つ。曲がりくねった山道を登りつめたところに、堂々とした本堂＊が立つ。
　和銅年間（708～715）に国家鎮護の法相宗道場として創建されたといわれ、和銅寺と号した。そののち最澄が比叡山を開創し、堂舎建立のため用材を甲賀の地に求めたが、日照り続きのため材を流すことができなかった。浄地を探したところ、岩根山中腹に堂があり、そのそばに百伝池（ももつてのいけ）を見つけ、7日間祈祷をすると大雨が降り続き、材を川に流すことができた。その後、京で桓武天皇の病の際、薬師仏の霊水を献上したところ、たちまち平癒された。この縁によって「善水寺」の寺号を賜ったという。
　1360（延文5）年に火災にあい、1364（貞治3）年に再建。国宝の本堂は、天台仏殿で南北朝の再建で、1899（明治32）年に、特別保護建造物に指定されたのを契機に、大修理が行われた。本堂内には、藤原時代の作と伝えられる本尊秘仏の薬師如来坐像をはじめ30体ほどの仏像があり、本坊には金銅誕生釈迦仏立像が安置されている。池の周辺は、小規模ながら手入れの行き届いた池泉式回遊式庭園になっている。