琵琶湖の東、鈴鹿山脈の麓に位置する天台宗寺院で、湖東三山の一つ。
　2015年にアメリカのニュース専門局CNNのWeb特集において『日本の最も美しい場所31選』（現在は36選）に選ばれた関西有数の観光名所。名神高速道路湖東三山スマートI.Cから約5分である。
　平安時代の初期にあたる834（承和元）年に仁明（にんみょう）天皇の勅願により、三修（さんしゅう）上人が開創したと伝えられる。以来、仁明天皇の勅願寺として朝廷の崇敬が篤く、寺領2000石、山林数百歩が与えられ、国家鎮護・万民安穏を祈願し、僧侶を育成する修行道場として栄え、諸堂17、僧坊300を有する大伽藍となった。また修行僧を通して住民に信仰心をもたらし、農耕用水を与えてくれる山や木に対する気持ちが水への信仰へとつながり、山の聖地に住むとされる龍神信仰へと結びつき、西明寺の山号を「龍應山」と言うように農民からも支えられることで、ますます栄えたのである。
　1571（元亀2年）に織田信長の焼き討ちを受けるが、多数の僧侶と農民が手を取り合い、寺を守ったという。各坊舎の仏像を背負って本堂へ駆け上がり、また一僧侶の機知により、二天門の下に自分たちで焚き木を激しく燃やし、寺の全てが焼けたように装ったことにより、ご本尊薬師如来（国指定重要文化財）と本堂（国宝第一号）、三重塔（国宝）、二天門（国指定重要文化財）やその他多数の寺宝を守り通せた。
　江戸時代から徐々に復興が進められ、1673～81（延宝年間）に公海大僧正の命により、望月越中守友閑（もちづきえっちゅうのかみゆうかん）が全面的な復興を行い、その後も補修工事が次々に行われ現在に至る。
　参堂の両側には苔むした石垣と一面の苔の坊跡が広がり、近江の苔寺とも呼ばれる。国指定の名称庭園「蓬莱庭」では、11月に満開となる滋賀県唯一の天然記念物指定の「不断桜（ふだんざくら）」と境内一円に千本を超える紅葉が同時に楽しめる。