JR琵琶湖線草津駅からバスで約25分、琵琶湖畔の烏丸半島にある。2016年、18、20年と3期にわたるリニューアルを行ない、質・量ともに充実している。単に展示を見せるだけでなく、魚類の保護増殖＊にも力を入れている。400万年にもおよぶ琵琶湖のおいたちや、現在は絶滅しているゾウがいた森を紹介するオープン・ジオラマコーナーがあるA展示室、かつて琵琶湖輸送の主役だった丸子船や人による森や湖の利用など、自然利用の歴史などが理解できるよう展示されているB展示室、1946（昭和39）年当時の民家の復元や、ヨシ原、田んぼ、森の生きものと人による利用を紹介しているC展示室がある。日本最大級の水族展示室では、長さ10mのトンネル水槽をくぐるとパノラマワイドに広がる湖中の様子に水中散歩の気分が味わえ、ビワコオオナマズをはじめ琵琶湖の生き物や世界の淡水魚が見られる。また、琵琶湖と同じく古代湖と呼ばれる長い歴史を持つ湖の展示もあり、世界一古い湖であるバイカル湖のほか、世界の古代湖も紹介している。これらのほかに、五感を使って子どもと大人が楽しく学べるディスカバリールームもある。