＊東大門（仁王門）：石山寺と書いた大提燈を掲げる山門で、入母屋造、瓦葺の八脚門。1190（建久元）年に源頼朝が寄進、慶長年間に淀殿の寄進により、新築に近い大修理がなされたと考えられている。左右に運慶・湛慶作の仁王像を配する。門からは石山ツツジの参道が境内へとつづいている。
＊本堂（観音堂）：境内の西奥にある。国宝。県内最古の木造建築で、総ヒノキ造り。本尊は高さ約3mの如意輪観世音菩薩（重要文化財）、ほかに木造不動明王坐像（重要文化財）がある。檜皮葺・寄棟造の大きな屋根を持つ。外観は1堂のようだが、正堂（内陣）と礼堂（外陣）とが幅1間の相の間でつながれている。巨大な硅灰石の岩盤の上に立ち、内陣は1096（永長元）年の再建で、岩盤上に立つ本尊を岩ごと厨子でおおって安置する。外陣は1602（慶長7）年、淀君の寄進により建立された。外陣は急な斜面に建てられ、懸崖造になっている。
＊鐘楼：重要文化財。重層袴腰で入母屋造りで檜皮葺の屋根など、均整のとれた美しい建物。鐘は鎌倉時代の初期に源頼朝が寄進したものと伝わり、1月1日の除夜の鐘、8月15日の平和の鐘の際には参拝者も撞（つ）くことができる。
＊豊浄殿：宝物館。毎年春と秋に開催される「石山寺と紫式部展」では、石山寺に伝わる宝物と紫式部や源氏物語を題材とした美術品などを展示する。有料。
＊経蔵：本堂の北東に立つ。床下吹き抜けの校倉（あぜくら）造で、かつては石山寺一切経4644帖や校倉聖教を蔵した。一切経とは奈良時代から奉納されてきた膨大な写経群で、紙背文書には貴重な史料が多い。当時は紙が貴重品で、いろいろな紙の裏を利用して写経し、奉納された。中には国宝に指定された平安時代の戸籍｢周防國玖珂郡玖珂郷延喜八年戸籍残巻｣など、経文とは別に紙背自体にも価値がある。
＊御影堂（みえどう）：本堂東の広場にある。方形で屋根は単層桧皮葺の小建築。良弁僧正、弘法大師、淳祐内供像を安置し、御影供が行われる。
＊良弁：689～773　奈良時代の僧。東大寺の建立に尽くし、初代の別当となり、東大寺開山と仰がれた。近江の金勝山、阿星山を中心に仏教文化の花を咲かせ、常楽寺、長寿寺、金勝寺は良弁の開山である。
＊平安文学：文学の寺でもある石山らしく、本堂内に紫式部＊が、新しい物語の祈念のために「源氏の間」に七日間参籠し十五夜の月を眺めて『源氏物語』の構想を練ったと伝えられ、中秋名月に秋月祭が行われる。源氏の間は外陣と内陣に挾まれた花頭窓の部屋で、紫式部と侍女の人形が置かれている。境内奥の源氏苑の一角に紫式部像、多宝塔に行く手前に鎌倉時代につくられた紫式部の供養塔がある。文学面からは、更級日記の著者菅原孝標の娘も石山寺に詣でている。枕草子にも石山寺が登場する。