深い入り江が大小九十九もあるとされこの名がついたといわれている典型的なリアス式海岸＊の小湾である。江戸時代中期に著わされた「能登名跡誌」には、「風景日本の三景にもひとしき處也。誠に風景仙境共云つべし。」とあり、古くから景勝地とされていた。東西1km、南北1.5kmの小さな湾の中に入り組んだ延長13kmにもおよぶ海岸線には赤松が生い茂り、波静かな水面に緑を映して箱庭的な美しさを見せる。湾の中央には鬱蒼としたスダジイに覆われ、松や桂樹など100種以上の暖地性植物が繁茂し、あたかも蓬莱の画図を見るようであるとして名付けられた蓬莱島（ほうらいじま）が浮かび弁天様が祀られている。湾口の日和山は自然公園になっており、湾内や立山連峰の展望台で、その南には遠洋漁業の基地として賑わう小木港がある。周辺の海は水の透明度が高いことなどで海中公園の指定をうけており、湾1周の遊覧船が巡っている。湾の西側にある「のと海洋ふれあいセンター」周辺の海岸に、飛石と床板を組み合わせた自然観察歩道（総延長約800m）が整備されている。場所によって波当たりの強さが違い、潮だまりができる場所など、変化に富んでおり、生きものとふれあい、観察することが出来る。