磨崖仏の中心をなす不動明王は高さ約3.5mの半肉彫りでせり出すように彫られている。両眼を見開き、上歯をむき出しにした表情から、古い様式の名残をとどめている。左掌には宝珠とされる卵状のものが彫られ、顔の表情と合わせ日石寺の不動明王磨崖仏の特徴となっている。この磨崖仏には、全国に模刻が存在している。富山県にも「鷹尾山蓮王寺」「鉢伏の不動明王石像」などいくつも存在し、顔の表情など共通する特徴が見られたり、日石寺との関係を示す伝承が残っていたりする。
　日石寺境内の愛染堂にも加賀藩江戸屋敷にあった模刻が祀られている。境内には他にも三重塔（弘化年間建立、町指定文化財）、山門（元禄年間建立、町指定文化財）、徳川秀忠ゆかりの不動明王立像と厨子、延命地蔵（寛永年間寄進）などがある。「とやまの名水」にも選定されている「大岩日石寺の藤水」は磨崖仏が彫られた岩を巡って滴る湧き水で、古くから眼病にご利益があると信じられ、様々な言い伝えを残している。その伝承にちなみ、メグスリノキのお茶を祈祷日に振舞うなどしている。境内にある六本滝は、明治元年に造られた高さ約5.5mの滝で、水が流れ出る6つの竜頭は、人間国宝／須賀松園の作である。六欲煩悩を清めるこの滝では、大寒（1月20日頃）には寒修行があり、県外からも修行者が訪れる。
　また、6月第2日曜日の滝開きでは、柴燈護摩・火生三昧火渡り修法が行われ、地元をはじめ各地からの人でにぎわう。滝打行ができる寺院として知られており、年齢男女国籍を問わず年間3,000人近くが滝行を体験している。最近は外国人旅行者もよく見かける。境内の傍を流れる大岩川の渓流は千巌渓とよばれ、風趣溢れる数多くの岩石や大小の滝が見られるとともに、高地から低地まで、温暖地から寒冷地まで多様な環境に生息する多くの種類の苔が生息している。
　日石寺の門前には旅館や食事処があり、名物のそうめんや山菜料理を食べることができる。中でもそうめんは大変有名で、絹を並べたように美しく盛られたぶっかけ式のそうめんが特徴で、地元観光協会では、滝行と門前旅館の食事をセットにしたプランも扱っている。