入口から見える建物外観から始まり、館内の3層の吹き抜け空間は、それ自体がひとつの物語にように作られている。地下1階は19世紀の回転のぞき盤から始まり、幻灯機と組み合わせて残像効果で見せるストロボスコープ等、実物模型によってアニメの原理を理解することができる装置など、見世物小屋風の展示が並ぶ。
　企画展＊は何か新しい発見をしてもらうことや、作ることへの興味を抱いてもらえることを願い、様々なテーマで立案されている。また、オリジナルアニメは毎月異なった作品が、15分程度の短編＊として映像展示室「土星座」で上映される。
　さらに、屋上庭園のロボット兵、子供の遊び場のネコバス、中庭やカフェのトイレ、休憩ベンチ、螺旋階段に至るまで、初めて大人の手を離れて、能動的に楽しみを発見する子どもたちに向けた目線で作られている。
　また、ジブリ関連のミュージアムショップと、宮﨑駿監督とジブリ美術館がおすすめする図書・絵本・児童書をそろえた図書閲覧室がある。なお、混雑を避けるために入場はすべて日時指定の予約制＊となっていることに留意されたい。