東京都内の公園はほとんどが人工的な花壇・芝生広場・スポーツ施設などが配置された開放的空間であるのに対して、ここは樹林に覆われた閉鎖的な林内空間となっている。多少、周囲からの喧噪は入るものの、廻りの高層建築物が全く視界に入らないため、リラックスして森林浴やバードウォッチングを楽しむことができる。
　シイ、マツなどの常緑樹、コナラ、ケヤキなどの落葉樹林に囲まれて、中心部には草原・湿地・池があり、カタクリ・ニリンソウ・ヤマユリなどの野草、ホタル・トンボ・メダカ・ヘビなど、これまで1,473種の植物、2,130種の昆虫、約130種の鳥類が観察されている。武蔵野植物園として保存・整備されているところは武蔵野の草地や雑木林、水生植物園では池や湿地の植物とアオサギ・カワセミなどの野鳥、路傍植物園では山野の道ばたに多く見られる野草類の観察ができる。
　各所に、樹木の解説や植生の遷移の説明がある他、教育管理棟には各種展示と休憩スペースがある。また、日曜日には11時から季節に応じた自然観察や生態学をテーマとした解説がある。
　なお、自然保護のために同時入場を300人までに制限しているため、ゆったりとした利用ができる。また、自然教育園に隣接して、同じ御料地を分割された旧朝香宮邸とその庭園が「東京都庭園美術館」として公開されているので、日程に余裕がある場合は併せて見学をしてみると良い。