JR羽越本線鶴岡駅から西へ13km、湯野浜温泉の南約4km、日本海に面した海岸に立つ。前身となる水族館は昭和初期よりあったが、1964（昭和39）年から移転・新築し開館。経営的には厳しい時期もあったが、クラゲに特化した水族館を目指すこととし、2005（平成17）年にはクラゲの展示種類数が世界一の水族館となり、2012（平成24）年には世界記録の認定を受けたこともある。開館から50年を迎え、建物の老朽化を機に隣接地に新築を行い、2014年（平成26）年、愛称「クラゲドリーム館」としてリニューアルオープンした。延床面積は約4,000m²。
　館内には庄内を流れる川や池の淡水魚、庄内沖に生息する海水魚など約140種類を展示するコーナー、60種類以上のクラゲを展示する「クラネタリウム」、約1万匹のミズクラゲが幻想的に浮遊する直径5mの円型大型水槽のあるクラゲドリームシアター、クラゲの飼育展示、生態を解説するコーナーなどがある。
　中庭にはひれあし広場があり、アシカやアザラシ（ひれあし類）の解説プログラムを行っている。また、屋外のプールは、庄内の海や岩礁地をイメージして創り上げたもので、ゴマフアザラシとキタゾウアザラシが悠々と泳ぐ姿を観察できる。庄内浜や鳥海山を望むレストランやクラゲのオリジナルグッヅが揃うミュージアムショップも併設されている。