水族館内にある「海獣公園」というエリアでは、海を防波堤で仕切っただけの豪快なプールでアザラシやトドを飼育している。このプールは「海」そのもので、コンブなどの海藻が生い茂り、魚が群れ、ウニやナマコなどの生き物も生息しており、北海道の大自然の中にある水族館といえる。飼育動物とはいえ野生に近い状態を保っており、豊かな自然の海であることから野生のアザラシが近くの岩場で休憩していたり、野生のトドが仲間を求めて防波堤を乗り越えて入って来たりといったエピソードもあるという。この海獣公園で夏は1日に数回、セイウチ、アザラシ、ペンギン、トドそれぞれのショーが行われており、飽きることがない。特にペンギンのショーはペンギンが演技をするのではなく、餌を求めて解説する飼育員に押し合いへし合いして殺到するだけで、指示には全く従わない。そのやり取りが笑いを誘う。冬期限定のペンギンの「雪中さんぽ」は、好奇心の強いジェンツーペンギンを間近に見学することができ、コースを逆走したり、観覧者のところに突然突進してきたりと自由奔放で非常に面白い。夏はフンボルトペンギンの「ペンギンの海まで遠足」を見ることができる。
　おたる水族館独自の生物や飼育方法がいくつかある。まず、世界的にも珍しいネズミイルカの飼育展示で、学術研究目的以外には生体での保持が禁止されている鯨類である。また日本近海に生息する5種類のアザラシのうち4種類のアザラシ達を飼育展示しており、アザラシだけでも飼育頭数約50頭とこの頭数は日本一という。北国の厳しい自然を感じさせるトドなどの巨大な海獣類のほかにも、イトウやオヒョウといった体が大きな生き物もたくさんいる。特大のホッケは、重さはなんと1.5kｇ。重さ20kg以上でタコとしては世界最大種のミズダコなど魅力ある生き物たちが沢山いる。