木古内町は、道南西部にあり、北東は北斗市、南は知内町、西は上ノ国町、北は厚沢部町に接し、南東は津軽海峡に面する。
 北海道新幹線木古内駅があり、海岸線に道南いさりび鉄道線、国道228号が通る。
 三方を渡島山脈の桂岳、梯子岳、袴腰岳等の山々に囲まれ、南側には総延長約15kmの海岸線がある。 渡島山系から流れる大小の河川流域に平坦地が広がり、集落を形成。南部を流れる木古内川の下流が町の中心市街地となっている。満潮時に川が逆流するため、沿岸の干満の差が大きい。
 1942年(昭和17)町制施行。町名はアイヌ語の「リロ・ナイ」(潮の差し入る川)に由来する。かつてはJR江差線と海峡線が分岐した交通の要衝だった。
 平坦で農業が行われ、米、青刈りトウモロコシ、ジャガイモ、ダイコン、イチゴ、キノコを生産。ハウス栽培と乳・肉牛飼育などとの複合経営が多い。沿岸ではホタテガイ、ウニなどの養殖が行われるほか、タコ、サケ、カレイなどの漁獲がある。
 咸臨丸をよみがえらせたモニュメントなどがあるサラキ岬、北海道新幹線のビュースポットや、札苅芝桜園などがある。1月中旬には佐女川神社で寒中みそぎ祭りが行われる。

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