地下鉄東西線東山駅から徒歩15分、京阪鴨東線神宮丸太町駅から徒歩10分。市バス熊野神社前からは徒歩5分。平安神宮の北方にある本山修験宗の総本山。応仁・文明の乱などの火災でたびたび移転し、1676（延宝4）年に現在地に再建された。本尊は不動明王。平安時代後期、1090（寛治4）年白河上皇が熊野三山に参詣の折、増誉（ぞうよ）大僧正が先達を勤めた功績によって、熊野三山検校職（けんぎょうしき）に任命され、のちに「聖体護持」という言葉より2字とった「聖護院」の号を上皇より賜った。鎌倉末ころからは本山派修験道＊を統轄するようになる。その後、後白河天皇の皇子の入寺以降明治維新まで37代のうち、25代は皇室より、12代は摂家より入寺、宮門跡として高い格式を誇った。御所が火災に遭った1788（天明8）年から約3年は光格天皇の、同じく1854（安政元）年の火災では孝明天皇の仮御所となっている。江戸幕末には、寺領の一部を京都守護職である会津藩に貸し出し、練兵場が置かれた。
　境内には御所から移したという書院をはじめ、宸殿・本堂・庫裏・長屋門などが立ち並ぶ。毎年1月半ば、山伏姿で法螺貝を吹き鳴らして市中を回り祈願・托鉢する寒中修行は、冬の京都の風物詩の一つ。