京阪七条駅から徒歩10分、七条通の東の突き当たり、東山の阿弥陀ヶ峰の麓にある。真言宗智山派の総本山の大寺院。智山派は大本山として成田山新勝寺・川崎大師平間寺・高尾山薬王院、別格本山として高幡山金剛寺・大須観音宝生院があり、末寺は全国に3,000余を擁する。
　智積院はもと紀州根来寺（ねごろじ）の塔頭だった。真言教学を学ぶ学問所として隆盛をきわめたが、1585（天正13）年、根来寺は豊臣秀吉によって全山焼き払われた。当時、智積院の学頭だった玄宥（げんゆう）僧正は難を逃れ、のちに京都東山で復興を図った。1601（慶長6）年、徳川家康から豊国神社境内の坊舎と土地が与えられ、名実ともに寺を再興。さらに豊臣家の滅亡後、秀吉が長男鶴松を弔うために建立した祥雲寺を拝領し、境内伽藍の拡充整備がなされた。以来、徳川氏の庇護を受け、寺運は隆盛。真言宗の教学の寺として全国から学僧が集まり、特に7世運敞（うんしょう）は諸学に通じた著名な住持であった。
　現在の金堂は1975（昭和50）年、講堂は1995（平成7）年の再建。ほかに明王殿（不動堂）・密厳堂（開山堂）・大師堂・大書院・宸殿などがある。2023（令和5）年4月に新築された宝物館には、長谷川等伯＊の「楓図」、息子久蔵の「桜図」をはじめとする国宝の障壁画を収蔵、展示する。ほかに国名勝の庭園＊、2008（平成20）年に奉納された講堂の襖絵＊もみどころ。また寺内に現代的な宿坊の智積院会館がある。