＊三門：1599（慶長4）年の再建。京都の三門で3番目に古い。楼上には観音菩薩像や十六羅漢像などが祀られ、天井には、極彩色の飛龍や楽器、迦陵頻伽が描かれている。
＊仏殿：1827（文政10）年の再建。5間四方、重層、入母屋造、本瓦葺の唐様建築。釈迦三尊像を安置する。毎朝の勤行の他、釈迦の三仏忌となる降誕会・成道会、涅槃会が勤められている。
＊法堂：1657（明暦3）年の再建。住職が説法や重要な儀式を行うところ。正面7間、側面6間、重層、入母屋造。
＊大方丈・小方丈：大方丈は1654（承応3）の建立。入母屋造、檜皮葺。阿弥陀三尊像を安置する。狩野探幽・益信の襖絵がある。大方丈は住職が多数の賓客を応対するところで、その東にある小方丈は住職の私室である。1656（明暦2）年の建築。南縁の杉戸に麒麟が描かれていることから、一名麒麟殿とも称する。前庭の枯山水は大方丈庭園とともに、国の史跡・名勝に指定されている。
＊大庫裏：1653（承応2）年に改建。僧侶の食生活を支える場所で、巨大な竈、厨房を中心に、庫裏の守護神を安置する韋駄天堂、柴小屋、火番部屋、地蔵菩薩を祀る食堂（じきどう）、台所を司る典座寮、妙心寺の行政機関である紀綱寮、検察機関の監寺寮（かんすりょう）、財務機関の副寺寮（ふくすりょう）、事務機関の都寺寮（つうすりょう）の各部屋がある。
＊浴室：1587（天正15）年、密宗和尚が明智光秀の菩提を弔うために建てたので、「明智風呂」とも呼ばれている。現在の建物は1656（明暦2）年の再建。明暦簀子板敷の隙間から蒸気を出す蒸し風呂形式。
＊経蔵：約6,500巻の経巻を収めた八角形の輪蔵が据え置かれている。
＊退蔵院：1404（応永11）年、妙心寺3世・無因禅師を開山として創建された、妙心寺山内でも屈指の古刹。室町時代の画僧・如拙が描いた初期水墨画の代表作「瓢鮎図（ひょうねんず）」（国宝。京都国立博物館寄託）を所蔵することで知られる。方丈の西側にある枯山水庭園（国史跡・名勝）は室町時代の絵師・狩野元信の作庭。
＊大心院：1492（明応元）年、管領細川政元が創建。書院前の「阿吽庭」は白砂に多彩な石組と苔をあしらった昭和作庭の枯山水の名園。宿坊にもなっている。
＊桂春院：1598（慶長3）年、織田信長の孫・津田秀則が見性院として創建。のちに桂春院と改められた。方丈の襖絵は狩野山雪の作。江戸時代作庭の庭園は国史跡・名勝に指定されている。