12万件に及ぶ収蔵品のうち常時3,000件を総合文化展（常設展示）で公開しており、年間400回を越える展示入れ替えにより1年間に延9,000件の展示を行っている。そのため、何回来ても常に未見の文化財を見る楽しみがある。さらに、展示されている美術・工芸品、考古遺物、古書籍などは国宝・重要文化財に指定されているものが多く、その分野に興味のある人にとっては必見の博物館である。広い施設と多数の展示品は1回で全てを観覧することができないため、分野毎、展示館毎に随時、観覧することをお薦めする。
（1）本館（日本ギャラリー）：1938（昭和13）年開館
　コンクリート建築に瓦屋根をのせた帝冠様式の建物で重要文化財となっている。25室の展示室を持ち、彫刻では各時代の仏像・神像などが一堂に会している他、絵画では水墨画や屏風絵から明治・大正の近代日本画、工芸では武具刀剣から漆工、陶磁器・金工・染織、書跡までジャンル別に各室に展示されている。
（2）東洋館（アジアギャラリー）：1968（昭和43）年開館。谷口吉郎設計。
　中国・朝鮮半島・東南アジア・西域・インド・エジプトなどのアジア諸地域の美術と工芸、考古遺物を地域別に10室の展示室を巡って見ることができる。
（3）平成館（日本の考古遺物、及び企画展）：1999（平成11）年開館
　1階は古代日本の石器・土器類に始まり中世・近世の考古学的に貴重な文化財が展示されている。2階は特別展（企画展）スペース。
（4）法隆寺宝物館：1964（昭和39）年開館、1999（平成11）年再建
　1878（明治11）年に法隆寺から皇室に献上された美術工芸品318点を展示する校倉（あぜくら）風の建物。正倉院宝物と双璧をなす奈良時代の美術品・書跡・彫刻が展示されている。
（5）表慶館：1909（明治42）年開館
　ドームの付いた煉瓦（れんが）造のネオバロック様式建築で重要文化財に指定されている。特別展（企画展）の開催時のみ公開される。
（6）黒田記念館（黒田清輝作品）：1928（昭和3）年開館
　黒田清輝の洋画作品を展示している。代表作である「湖畔（1897年）」、「読書（1891年）」、「舞妓（1893年）」、「智・感・情（1899年）」は年3回、新年、春、秋に各2週間公開。
（7）庭園と歴史的建物
　本館北側には日本庭園があり全国から蒐集移築した歴史的建物・宝塔＊が配されている。草庵などの一部は茶室として利用することができる。