牟岐町は、県南東部に位置し、東は美波町、西は海陽町と接し、南はリアス式海岸を特徴として太平洋に臨んでいる。
 太平洋に注ぐ牟岐川沿いや河口に平地がみられ、牟岐港を中心に市街地が形成されている。北方には海部山地が連なり、町域の約 87%が山地である。また、灘付近の山地と海岸線に挟まれた地域は丘陵地 (灘丘陵)がある。牟岐漁港の沖合の洋上には出羽島がある。
 JR牟岐線、国道55号(土佐街道)、南阿波サンライン(県道日和佐牟岐線)が通じる。
 牟岐港はマグロやカツオの一本釣りの基地で、水産加工も行われる。採貝や採藻も盛んで、水産資源栽培センターがつくられ、収穫の増大が図られている。農業は米作のほか、キュウリや花卉栽培を行う。
 牟岐港沖合いの出羽島、津島、大島は室戸阿南海岸国定公園域で、磯釣りの適地となっている。津島暖地性植物群落、出羽島のシラタマモ自生地は国指定天然記念物。1月15日には送り正月の行事である左義長が行われる。

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