南大東村は、沖縄本島の東392㎞にある大東諸島のうち南大東島を村域とする。島全体が隆起環礁でできており、断崖絶壁に囲まれている。内陸は見渡す限りサトウキビ畑が一面に広がり、島の中央部は湿地帯で大小50余りのカルスト湖沼が点在している。沖縄県最大の湖沼「大池」は、周囲が約4kmあり、北側の湿地帯にマングローブを形成するオヒルギ群落が生息している。
 大陸から隔絶された南大東島には、国指定の天然記念物「ダイトウオオコウモリ」など、固有の動植物が数多く生息している。また、島の海域は漁場に恵まれ、マグロ、サワラ等の漁獲が豊富である。

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